第1話：闇の探求
／Nature Under Constraint and Vexed

何者かに娘キラを連れ去られたサラ。娘を必死で探すなか二人の男に襲われるが何とかその場を切り抜ける。リーキー博士が登壇するイベントにレイチェルが出席することを知ったサラは、キラの手掛かりを探すため会場に潜り込む。しかし、レイチェルの元に娘はいなかった。サラはアートから、先日襲ってきた男たちが、プロレシアンズであることを聞く。

第2話：晴れない疑惑
／Governed by Sound Reason and True Religion

キラからの電話をうけGPSを頼りにサラとアートはモーテルへ。アートが目を離した隙にサラが何者かに連れ去られる。到着した山小屋でミセスSがキラを保護していた。ミセスSは自分たちが何者かに狙われていることに気づきキラを連れて逃げたというが、サラはミセスSの言動に不審を覚える。一方、病院から連れ去られたヘレナはプロレシアンズに捕らわれていた。

第3話：儀式／Mingling Its Own Nature with It

山小屋から逃げたサラは、キラとフェリックスと共に空き家に身を寄せる。そこはサラの昔の男、キラの父親カルの家であった。その夜突然カルが家に戻り、娘キラと初対面することに。一方、自分と同じ病気を持つクローン、ジェニファーの死体から病気の手掛かりを見つけようとするコシマ。ひとり疑心暗鬼のアリソンは、酒と薬の過剰摂取で舞台本番中に失神してしまう。

第4話：たぐられる糸
／Governed as It Were by Chance

ミセスSが全ての謎を解く鍵を握っていると確信したサラは、フェリックスと共にミセスSの正体を探るため実家に戻る。ミセスSが保有する資料から、謎の写真に写るLEDA研究の科学者たちが大火災により焼死したことを知る。しかし、LEDA研究のリーダー、ダンカンは火事の直前に失踪していた。ダンカンがレイチェルの育ての親であることを知ったサラは、レイチェルの家に忍び込むが・・・。

第5話：姉妹／Ipsa Scientia Potestas Est

危ういところをヘレナに助けられたサラ。用心棒をヘレナに殺されたレイチェルは後任としてポールを指名する。ヘレナの卵子を受精させたプロレシアンズは、受胎のため彼女を必要としていた。そんな中、LEDA研究のリーダー、ダンカンが生存していることがわかる。一方、アートに保護されていたヘレナが失踪。サラとアートはヘレナの後を追いレイチェルのマンションにたどり着く。

第6話：LEDA研究
／To Hound Nature in Her Wanderings

サラは手掛かりをたよりにミセスSを探し出し、ミセスSに保護されているLEDA研究のリーダー、ダンカンから一連の事の発端を聞く。研究者ダンカン夫妻は、軍に採用されクローン胚の作製に成功するが、倫理違反で研究は打ち切られた。その後下請け業者のダイアド研究所がLEDA研究をのっとり夫妻に研究を強要し、あげくリーキー博士が妻スーザンを殺害したのだという。

第7話：ひとつの終り
／Knowledge of Causes, and Secret Motion of Things

ミセスSとサラはリーキー博士が関わる一連の事件をダンカンの娘であるレイチェルに知らせ、リーキー博士とレイチェルの仲を裂こうとする。一方、アリソンがいるリハビリセンターの親子面会日に自分が知らずにリーキー博士の手先となっていたことを知るダニー。ダイアド研究所から追放されたリーキー博士を捕まえたダニーは、真相を追究しようとリーキー博士に詰め寄るが...。

第8話：トニー
／Variable and Full of Perturbation

トランス・ジェンダーのクローン、トニーがベスを頼りにアートとフェリックスの前に現れる。理由は、トニーの相棒サミーが何者かに殺害される直前に、彼（彼女）にベスへの伝言を託したからだ。その伝言によりサミーとポールが陸軍と繋がりがあることがわかるが、現在ポールはレイチェルの元を離れ行方不明だ。そんな中、レイチェルはデルフィーヌを使いダンカンとコシマを引き合わせる手はずを整える。

第9話：受胎
／Things Which Have Never Yet Been Done

コシマの病気を治すためキラの骨髄が必要であることを聞かされ、サラはキラの骨髄をダイアド研究所に提供することに承諾する。プロレシアンズに戻ったヘレナは、グレイシーから、ヨハンソンがプロレシアンズの女性たちを使って自分とヘレナの遺伝子を持つ子どもを増やそうとしていることを聞き、ヨハンソンを殺害し脱走。骨髄摂取手術を終えたキラはレイチェルにさらわれてしまう。

第10話：カストール
／By Means Which Have Never Yet Been Tried

娘を助けるため自身の身体をダイアド研究所に提供するサラ。そんな中、LEDA研究の暗号を解く鍵を明かさぬままダンカンが自殺する。サラとキラは陰の組織“トップサイド”のマリオンの助けを借りダイアド研究所から脱出する。翌日マリオンを訪ねたサラは、LEDA研究から派生して軍が男性クローンを造ることを目的に組織した“カストール研究”の存在を知る。